Salah satu tujuan imperialisme kuno adalah
God, menggunakan daerah jajahan untuk tempat penyebaran agama Nasrani/Kristen.
Oleh karena itu, kedatangan orang-orang Eropa di Indonesia berkaitan dengan
penyebaran agama Kristen.
Semula agama Kristen-Katolik disebarkan
bersamaan dengan kedatangan bangsa Portugis di Maluku. Karya misionaris Katolik
dimulai pada abad ke-16. Bermula di Ambon, kemudian Ternate dan Halmahera,
serta Flores dan Timor. Kini kedua pulau terakhir ini menjadi jantung agama
Katolik di Indonesia.
Untuk selanjutnya penyebaran agama Katolik disebarkan
oleh sebuah organisasi (badan) yang disebut Missi. Missi mengadakan penyebaran
agama Katolik di pedalaman Kalimantan, Sulawesi Utara, Sulawesi Tengah, Nusa
Tenggara Timur, Maluku Tengah, Maluku Selatan, dan Irian Jaya.
Pada abad ke-17, dengan kehadiran VOC,
Kristen Protestan mulai berperan penting di Indonesia. Meski tujuan utamanya
berdagang. VOC berkewajiban meningkatkan meningkatkan iman Protestan bagi
orang-orang di bawah kendali wilayah kekuasaanya. Orang-orang yang dahulu
memeluk Katolik, beralih ke Protestan, terutama di Maluku, Manado, dan Batavia.
Kantung-kantung baru masyarakat Kristen didirikan, terutama Indonesia Timur.
Flores dan sebagian Timor tetap memeluk agama Katolik. Sebab pengaruh Portugis
tetap berlanjut. Ketika VOC dibubarkan pada tahun 1799, masih terdapat sekitar
50.000 pemeluk protestan di bekas wilayah kekuasaannya.
Semasa pemerintahan Gubernur Jenderal H.W
Daendels di Indonesia (1808–1811), kebebasan beragama dijamin. Sejak itu
berakhirlah dominasi Kalvinisme di Indonesia. Kemudian pemerintahan Inggris
dengan Gubernur Jenderal Sir Thomas Stamford Raffles yang mengizinkan berbagai
organisasi misi masuk ke Indonesia. Kebijakan tersebut dilanjutkan ketika
Indonesia diserahkan kembali kepada Belanda tahun 1815. Dua tahun kemudian
(1817), seluruh gereja Protestan di Indonesia dinyatakan menjadi gereja
pemerintah.
Penyebaran agama Kristen Protestan di
Indonesia dilakukan sejak zaman VOC. Kemudian dilakukan oleh suatu organisasi
(badan) yang disebut Zending (Pekabaran Injil). Semula Zending diurus oleh
pemerintah Belanda. Namun mulai tahun 1935, Zending berdiri sendiri.