Pada tahun 1521, dua kapal ekspedisi Spanyol
sampai di Maluku. Mereka datang dari Filipina dalam pelayaran kembali ke
Spanyol melalui Kalimantan Utara. Ketika itu, di Maluku sedang terjadi
persaingan antara Ternate dan Tidore.
Untuk mengimbangi kekuatan Ternate yang
didukung Portugis, Spanyol mendukung Tidore.
Keadaan ini mendapat protes dari Portugis
karena dianggap melanggar Perjanjian Saragosa tahun 1528. Selain itu karena
kalah kuat, persekutuan Tidore dan Spanyol dapat dilumpuhkan.
Sejak tahun 1543, tidak ada lagi ekspedisi
Spanyol ke Indonesia. Berdasarkan Perjanjian Tordesillas, kawasan Maluku hanya
boleh dijelajahi Portugis, sedangkan Spanyol hanya sampai di Filipina.